Ecología microbiana: desde el microscopio hasta el análisis genómico y bioinformático

Autores/as

  • Sandra Ignacia Ramírez Jiménez Centro de Investigaciones Químicas (CIQ), Universidad Autónoma del Estado de Morelos (UAEM) https://orcid.org/0000-0002-4344-0896
  • Santiago Cadena Centro de Investigaciones Químicas (CIQ), Universidad Autónoma del Estado de Morelos (UAEM)

DOI:

https://doi.org/10.30973/inventio/2022.18.46/6

Palabras clave:

microorganismos, microscopía, cultivos microbianos, biología molecular, ecología microbiana

Resumen

La ecología microbiana se encarga del estudio de las interacciones de los microorganismos entre ellos y con su ambiente, cuyo conocimiento permite comprender la estructura y composición de las comunidades microbianas en un hábitat determinado, como ecosistemas extremos poco explorados o ambientes del entorno humano. Más aún: permite asociar los procesos metabólicos de algunos microorganismos con aplicaciones biotecnológicas en industrias como la alimenticia, la farmacéutica o la agricultura. Estas aplicaciones tecnológicas sólo son posibles cuando se conoce a detalle la identidad y función de las comunidades microbianas que realizan estos procesos, ámbito de estudio de la ecología microbiana.

Biografía del autor/a

Sandra Ignacia Ramírez Jiménez, Centro de Investigaciones Químicas (CIQ), Universidad Autónoma del Estado de Morelos (UAEM)

Centro de Investigaciones Químicas (CIQ), Universidad Autónoma del Estado de Morelos (UAEM)

Santiago Cadena, Centro de Investigaciones Químicas (CIQ), Universidad Autónoma del Estado de Morelos (UAEM)

Centro de Investigaciones Químicas (CIQ), Universidad Autónoma del Estado de Morelos (UAEM)

Citas

Adam, P. S., Borrel, G., Brochier-Armanet, C. y Gribaldo, S. (2017). The growing tree of Archaea: New perspectives on their diversity, evolution and ecology. ISME Journal, 11, 2407-2425. https://doi.org/10.1038/ismej.2017.122

Brock, T. D. (1997). The value of basic research: Discovery of Thermus aquaticus and other extreme thermophiles. Genetics, 4(146), 1207-1210. https://doi.org/10.1093/genetics/146.4.1207

Esakandari, H., Nabi-Afjadi, M., Fakkari-Afjadi, J., Farahmandian, N., Miresmaeili, S.-M. y Bahreini, E. (2020). A comprehensive review of COVID-19 characteristics. Biological Procedures Online 22, 1-10. https://doi.org/10.1186/s12575-020-00128-2

Falkowski, P. G., Fenchel, T. y Delong, E. F. (2008). The microbial engines that drive earth’s biogeochemical cycles. Science, 80(320), 1034-1039. https://doi.org/10.1126/science.1153213

Flemming, H. C. y Wuertz, S. (2019). Bacteria and archaea on Earth and their abundance in biofilms. Nature Reviews Microbiology, 17, 247-260. https://doi.org/10.1038/s41579-019-0158-9

Gilbert, J. A., Jansson, J. K. y Knight, R. (2014). The Earth Microbiome project: Successes and aspirations. BMC Biology, 12, 1-4. https://doi.org/10.1186/s12915-014-0069-1

Hernández, M., Quijada, N. M., Rodríguez-Lázaro y Eiros, J. M, (2020). Bioinformatics of next generation sequencing in clinical microbiology diagnosis. Revista Argentina de Microbiología, 2(52), 150-161. https://doi.org/10.1016/j.ram.2019.06.003

Jiao, J.-Y., Liu, L., Hua, Z.-S., Fang, B.-Z., Zhou, E.-M., Salam, N., Hedlund, B. P. y Li, W.-J. (2021). Microbial dark matter coming to light: Challenges and opportunities. National Science Review, 3(8), 1-5. https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa280

Karamanou, M., Poulakou-Rebelakou, E., Tzetis, M. y Androutsos, G. (2010). Anton van Leeuwenhoek (1632-1723): Father of micromorphology and discoverer of spermatozoa. Revista Argentina de Microbiología, 42, 311-314. https://www.redalyc.org/articulo.oa?id=213016779013

Knight, R., Jansson, J., Field, D., Fierer, N., Desai, N., Fuhrman, J. A., Hugenholtz, P., van der Lelie, D., Meyer, F., Stevens, R., Bailey, M. J., Gordon, J. I., Kowalchuk, G. A. y Gilbert, J. A. (2012). Unlocking the potential of metagenomics through replicated experimental design. Nature Biotechnology, 30(6), 513-520. https://doi.org/10.1038/nbt.2235

Kruif, P. D. (1997). Cazadores de microbios. Editora Géminis.

Madigan, M. T., Martinko, J. M., Bender, K. S., Buckley, D. H. y Stahl, D. A. (2004). Brock: Biología de los microorganismos (10ª ed.). Pearson Educación.

Marzorati, M., Wittebolle, L., Boon, N., Daffonchio, D. y Verstraete, W. (2008). How to get more out of molecular fingerprints: Practical tools for microbial ecology. Environmental Microbiology, 6(10), 1571-1581. https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2008.01572.x

Parks, D. H., Chuvochina, M., Waite, D. W., Rinke, C., Skarshewski, A., Chaumeil, P.-A. y Hugenholtz, P. (2018). A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life. Nature Biotechnology, 36, 996. https://doi.org/10.1038/nbt.4229

Patwardhan, A., Ray, S. y Roy, A. (2014). Molecular markers in phylogenetic studies—A Review. Journal of Phylogenetics and Evolutionary Biology, 2(2), 131. https://doi.org/10.4172/2329-9002.1000131

Pereira, R., Oliveira, J. y Sousa, M. (2020). Bioinformatics and computational tools for next-generation sequencing analysis in clinical genetics. Journal of Clinical Medicine, 9(1), 132. https://doi.org/10.3390/jcm9010132

Quast, C., Pruesse, E., Yilmaz, P., Gerken, J., Schweer, T., Yarza, P., Peplies, J. y Glöckner, F. O. (2013). The SILVA ribosomal RNA gene database project: Improved data processing and web-based tools. Nucleic Acids Research, D1(41), 590-596. https://doi.org/10.1093/nar/gks1219

Smith, K. (2007). Technological and economic dynamics of the world wine industry: An introduction. International Journal of Technology and Globalisation, 2-3(3), 127-137. https://doi.org/10.1504/ijtg.2007.014329

Stewart, E. J. (2012). Growing unculturable bacteria. Journal of Bacteriology, 16(194), 4151-4160. https://doi.org/10.1128/JB.00345-12

Sunagawa, S., Acinas, S. G., Bork, P., Bowler, C., Tara Oceans Coordinators, Eveillard, D., Gorsky, G., Guidi, L., Iudicone, D., Karsenti, E., Lombard, F., Ogata, H., Pesant, S., Sullivan, M. B., Wincker, P. y de Vargas, C. (2020). Tara Oceans: towards global ocean ecosystems biology. Nature Reviews Microbiology, 18, 428-445. https://doi.org/10.1038/s41579-020-0364-5

Valentini, A., Pompanon, F. y Taberlet, P. (2009). DNA barcoding for ecologists. Trends in Ecology and Evolution, 2(24), 110-117. https://doi.org/10.1016/j.tree.2008.09.011

Whitman, W. B., Coleman, D. C. y Wiebe, W. J. (1998). Prokaryotes: The unseen majority. PNAS, 95(12), 6578-6583. https://doi.org/10.1073/pnas.95.12.6578

Woese, C. R., Kandler, O. y Wheelis, M. L. (1990). Towards a natural system of organisms: Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. PNAS, 87(12), 4576-4579. https://doi.org/10.1073/pnas.87.12.4576

Ecología microbiana: desde el microscopio hasta el análisis genómico y bioinformático

Publicado

2023-06-29

Cómo citar

Ramírez Jiménez, S. I., & Cadena Rodríguez, S. (2023). Ecología microbiana: desde el microscopio hasta el análisis genómico y bioinformático. Inventio, 18(46), 1–9. https://doi.org/10.30973/inventio/2022.18.46/6

Número

Sección

Artículos